Proyek ini tersendat, karena situasi politik yang kurang kondusif. 

Pada masa itu, berlaku demokrasi parlementer, partai-partai politik saling bertikai untuk memperjuangkan kepentingannya masing-masing. 

Kondisi ini memuncak pada tahun 1965 saat meletus peristiwa G30S/PKI, sehingga pembangunan masjid terhenti sama sekali. 

Setelah situasi politik mereda, pada tahun 1966, Menteri Agama KH. Muhammad Dahlan mempelopori kembali pembangunan masjid ini. 

Kepengurusan dipegang oleh KH. Idham Chalid yang bertindak sebagai Koordinator Panitia Nasional Pembangunan Masjid Istiqlal.

Tujuh belas tahun kemudian, Masjid Istiqlal selesai dibangun.

Dimulai pada tanggal 24 Agustus 1961, dan diresmikan penggunaannya oleh Presiden Soeharto pada tanggal 22 Februari 1978 ditandai dengan prasasti yang dipasang di area tangga pintu As-Salam. 

Biaya pembangunan diperoleh terutama dari APBN sebesar Rp7 miliar dan US$. 12.000.000.

Kemudian untuk pertama kalinya pada tahun 2020 Masjid Istiqlal direnovasi besar-besaran.

Renovasi Masjid Istiqlal diresmikan oleh Presiden Jokowi. 

Kini masjid itu bukan hanya menjadi tempat ibadah namun juga tempat kegiatan umat muslim mulai dari berdagang dan berkomunitas.